En la planta baja, se podrá contemplar la historia desde el Paleolítico hasta los siglos XI y XII. En esta parte se podrá ver parte del yacimiento encontrado en Soto Henares entre los años 2006 y 2007, como los tres enterramientos que se han reproducido (dos de humanos y uno ritual compuesto por cabras y ovejas). Asimismo, tiene una sala dedicada a los pueblos carpetanos y romanos; y otra al Torrejón medieval, que es cuando se construye el Torreón que dará origen a la ciudad

La historia desde el siglo XII hasta nuestros días estará en la primera planta, donde se podrá observar la Carta de Privilegio de Villazgo, la Carta de Venta y la Carta de Pago que propician que Torrejón se convierta en una villa de realengo, se independice de Alcalá y del Arzobispado de Toledo y tenga una jurisdicción propia. Igualmente allí se encontrarán los dos momentos en los que la Historia de España se decide en Torrejón, como son el episodio de Juan José de Austria y la Batalla de Torrejón entre Espartero y Narváez. Además, también contará con el desarrollo del siglo XX, tanto sus primeros años, como la llegada de la Base Aérea, la industrialización de la ciudad o el nombramiento como Gran Ciudad.
La segunda planta se destinará a Sala de Exposiciones temporales y las dos primeras muestras expuestas serán “La evolución de Torrejón de Ardoz en imágenes” realizada por la Asociación “Las Fotos de Torrejón”; y “Esculturas” de los artistas locales “José Luis Fernández, Sergio Fernández, Javier Rego, Carlos Sevilla y Javier Moreno Nieto. Por último, los aseos, el almacén y los suministros estarán ubicados en el sótano. Además, a lo largo de todo el Museo habrá diferentes cuadros y gráficos con la evolución de la población, de las viviendas, de los hechos históricos o de los pobladores que ha tenido la ciudad.

El alcalde, Pedro Rollán, destacó que se ha querido hacer un Museo que tenga un componente interactivo y lúdico. “Por ello se han instalado diferentes pantallas que reproducen en imágenes distintos momentos de la Historia de la ciudad. Al finalizar ese recorrido histórico, hay un espacio complementario en el que se puede ver un vídeo con 6 personajes de la Historia de Torrejón, escuchar diferentes audios con los fragmentos en los que Torrejón sale reflejado en algunas de las principales obras de la literatura y un juego con dos modalidades: para hacer puzzles con distintas estampas de Torrejón y un trivial con preguntas de la historia de la ciudad”.

Además, también se ha querido mejorar el entorno que rodea al Museo. Para ello, se han creado dos nuevas zonas estanciales, como la Plaza y la Plazoleta del Museo; se ha remodelado la calle Jabonería y la avenida de la Constitución y se ha creado un mural que recrea un plano de Torrejón a principios del siglo XVIII pintado por el artista local Manuel Ojeda.